El primer equipo de fútbol juega en la Primera División de España, y es uno de los tres clubes que siempre han competido en esta categoría desde la primera edición de La Liga, en 1929. Los otros dos clubes que ostentan este honor son el Athletic Club y el Real Madrid. En una estadística hecha en 2018, figuró a Godoy Cruz entre uno de los clubes con mejor efectividad del mundo del primer semestre de ese año, posicionando el 5° puesto a nivel mundial, siendo el mejor de América, obteniendo el 81,25 % de efectividad y superado por Bayern Múnich, Juventus, PSG y Barcelona.
