En la Liga de Campeones 2008-09 enfrentó al Anorthosis Famagusta, al Panathinaikos y al Werder Bremen, obteniendo el segundo lugar en la fase de grupos y quedó nuevamente eliminado (por tercer año consecutivo) en los octavos de final pero esta vez a manos del Manchester United quien ganó por un global de 2:0. Ibra marcó un solo gol en la competición y jugó ocho partidos.
