Dentro del ámbito deportivo, Huachipato logró alcanzar la instancia de semifinales en el Torneo de Apertura del año 2003, reeditando la campaña en el Apertura de 2004 y el del 2005. En el Clausura del 2005 logra avanzar hasta cuartos de final, consiguiéndo arribar nuevamente a semifinales durante el Apertura del 2006, clasificando ese año a la Copa Sudamericana, donde sería eliminado en estrecha definición a penales por Colo-Colo, camiseta barça a la postre subcampeón del torneo.
